Do 16 lutego 2015 roku dyrektor Wydziału Informacji i Promocji miasta Krakowa, obejmował to stanowisko od 1 stycznia 2011 r. Wcześniej od sierpnia 2010 pełnił funkcję rzecznika prezydenta Krakowa.
Marcin Kandefer był też dziennikarzem w rzeszowskim oddziale RMF FM, współpracował z Polskim Radiem Rzeszów, Gazetą Codzienną „Nowiny”, Trybuną. Przez cztery lata był członkiem Rady Programowej Radia Kraków.
Pracował również jako specjalista i menedżer do spraw public relations w krakowskich agencjach reklamowych i PR. Przez ostatnie dwa lata prowadził własną agencję PR, ponadto był redaktorem prowadzącym Dwutygodnika Miejskiego „Kraków.PL”.